Naziści współpracowali z radzieckim NKWD w dziele eksterminacji narodu polskiego. Wyrazem daleko posuniętej kooperacji były wspólne konferencje Gestapo i NKWD. Pierwsza konferencja wspólna NKWD i Gestapo miała miejsce w Brześciu nad Bugiem 27 września 1939 roku. Jej tematem przewodnim były metody zwalczania w zarodku przez obu okupantów konspiracji niepodległościowej. II Konferencja NKWD i Gestapo odbyła się pod koniec listopada 1939 roku w Przemyślu. Jej tematyka została poszerzona o problem wymiany jeńców polskich oraz metodykę eksterminacji ludności polskiej. W dniu 20 lutego 1940 roku rozpoczęła się w Zakopanem w willi "Pan Tadeusz" III Metodyczna Konferencja NKWD i Gestapo. Wspólne plany eksterminacyjne konstruowano do 4 kwietnia 1940 roku. W marcu 1940 kolejna podkonferencja miała miejsce w Krakowie. Nazistowska akcja A-B polegająca na wymordowaniu polskiej inteligencji została dzięki tym konferencjom skoordynowana z radziecką akcją rozstrzeliwania jeńców w Katyniu, Twerze i Charkowie oraz więźniów w Bykowni i Kuropatach pod Mińskiem. Protokół końcowy III Metodycznej Konferencji Gestapo-NKWD zakładał likwidację ludności polskiej do roku 1975 poprzez jej wymordowanie i deportacje. Stronę niemiecką reprezentował Adolf Eichmann i późniejszy szef dystryktu radomskiego GG Zimmerman. Stronę radziecką reprezentowali m.in. Eichmans (były sowiecki komendant Wysp Sołowieckich i Ekspedycji na Wałgaczu - twórca systemu zabijania strzałem w tył głowy w izolowanych pomieszczeniach) oraz Rita Zimmerman (szefowa łagru dziecięcego i komendantka kopalni złota na Kołymie). Inną formą współpracy radziecko-nazistowskiej było tworzenie przez sowiecki wywiad na obszarze Generalnego Gubernatorstwa za pomocą zwerbowanych lewicowych (komunistycznych lub tzw. jednolitofrontowców) działaczy organizacji konspiracyjnych o zabarwieniu komunistycznym, które miały rozpracowywać dla gestapo i NKWD polskie podziemie niepodległościowe pod płaszczykiem swojej działalności konspiracyjnej (organizacje "Sierp i Młot", "Proletariusz" oraz "Stowarzyszenie Przyjaciół ZSRR").W okresie tym równoległe działała w Zakopanem szkoła dywersyjno-szpiegowska założona przez hitlerowskie służby specjalne z inicjatywy OUN i szkoliła tam swoją agenturę zwerbowaną z nazistowskich nacjonalistów ukraińskich do OUN-SB która to później dokonywała bestialskich mordów na ludności polskiej a także żydowskiej i ukraińskiej. Szkoła ta była często wizytowana przez funkcjonariuszy Gestapo i NKWD którzy byli zainteresowani wykorzystaniem OUN-SB do niszczenia polskości na ziemiach okupowanych po 1939 roku przez Niemcy i ZSRR. Ciekawostką jest też fakt, że taka udana współpraca NKWD-Gestapo-OUN(SB) odbywała się w Zakopanem które w tym czasie było pod okupacja słowacką.